2005年夏天，19岁的诺伊尔与沙尔柯林斯签订了职业生涯首份职业合同，并且在当赛季的德甲参赛名单中，诺伊尔已经位列球队第三号门将。值得一提的是，诺伊尔为什么当上门将，是因为当时其他的小朋友比诺伊尔先到球场，所有的位置都没有了，唯独门将位置没有人愿意当，小诺伊尔只好无奈暂时担任门将，但是这一次当门将也让他找到了乐趣。当时沙尔克林斯青年队的守门员教练马图沙克一眼就看上了诺伊尔，他认为这位金发小少年有成为顶级门将的潜质，因此他当时便向沙尔克管理层提议，给诺伊尔提供专业的足球装备，尽量满足他的需求。05到06赛季，虽然诺伊尔曾两次入选替补阵容，但其余大部分时间主要代表二队参加德国足球高级联赛。而随着沙尔克替补门将海默罗特的离队，洛伊尔得以在自己的第二个职业赛季中晋升为球队二号门将。2006年年初，诺伊尔被评为盖尔森基辛市年度最佳运动员，此前他还曾赢得过德国青年球员奖。
新赛季开赛对阵亚琛队的比赛中，由于主力门将罗斯特因伤离场，诺伊尔替补登场完成了德甲首秀。随后，从德甲第10轮战平拜仁慕尼黑一战开始，诺伊尔便取代罗斯特成为沙尔克的主力门将，完成了球队在德甲比赛中剩下的所有场次比赛。在该赛季德甲比赛中，诺伊尔随同沙尔克一共首发出场27次，有13场比赛保持球门不失，帮助球队夺得德甲亚军，个人更是当选赛季德甲最佳门将。
时间来到07到08赛季，此时的诺伊尔尽管只有20岁，但是却得到了主教练斯洛姆卡的信任，并成为德甲最年轻的主力门将。他时尚的比赛风格时常招致好评，而凭借大范围高精准的手抛球能力，也使他总是能够发动球队的快速进攻。这个赛季，诺伊尔随同沙尔克参加德甲和欧冠联赛全部比赛，其中德甲出场34次，欧冠出场10次，特别是在欧冠联赛8分之1决赛次回合，沙尔克客场挑战波尔图，诺伊尔化解了对方的多次射门。在最终的点球大战上，诺伊尔更是扑出对方两个点球，帮助沙尔克大比分4比1淘汰波尔图挺进八强，创造了球队自参加欧冠以来的历史最佳成绩。
08到09赛季，由于诺伊尔受伤病影响，缺席了多场比赛，沙尔克04的整体表现也未如上赛季那么理想，球队在欧冠赛场被早早淘汰，在德国足协杯也止步八强。这是诺伊尔在沙尔克04期间的最差成绩。在当赛季德甲比赛中，诺伊尔共计代表沙尔克出场一共27次，有11场比赛零失球，失21球，可以说这是诺伊尔职业生涯的一段低谷时期。不过随着新赛季开赛，身体完全康复的诺伊尔再次满血归来。09到10赛季，洛伊尔代表沙尔克打满全部德甲比赛，一共出场34次。沙尔克04也再次获得该赛季德甲联赛亚军，也成为赛季失球最少的最佳后防球队之一，整个赛季失31球。
之后的两个赛季，随着沙尔克04队长韦斯特曼转投汉堡，诺伊尔被主教练马加特任命为球队新任队长。该赛季诺伊尔代表沙尔克参加全部34场德甲比赛，有11场比赛零失球。同时在这个赛季里，诺伊尔率领沙尔克历史性的杀入了欧冠半决赛，在自己的最后一个沙尔克赛季中，助力球队夺得了德国足协杯冠军，这也是诺伊尔以队长身份首次捧起自己在沙尔克生涯的首个冠军杯。该赛季诺伊尔被德甲球员和德国踢球者评委会选为赛季德甲最佳门将。
2011年夏窗，作为拜仁头号引援目标的诺伊尔的心里其实十分纠结，如果自己去拜仁慕尼黑，那么他当时的女友卡特琳会高兴，因为女友本身就是慕尼黑人，但是一直支持他的家人朋友会不高兴。最终经过权衡再三，诺伊尔还是选择转会加盟拜仁慕尼黑，开启自己职业生涯巅峰时代。同年6月，诺伊尔正式前往拜仁慕尼黑体检，并和球队签署了五年期满的合约。在新赛季成为拜仁慕尼黑一号门将的同时，诺伊尔也以高达3000万欧元的转会费成为德甲历史上身价最贵的门将。
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